Примерно за две недели до президентских выборов, 24 февраля 2004 года, Путин отправил в отставку правительство Михаила Касьянова, которого в марте сменил Михаил Фрадков. Отставка правительства вызвала удивление в России и за рубежом. Михаил Фрадков в то время был малоизвестным чиновником, который, в отличие от Касьянова, не мог рассматриваться как независимый политик.

По мнению наблюдателей, уже к концу первого срока Путина в России сформировалась своеобразная модель правления, сохранявшая либеральные элементы, но тяготевшая к резкому усилению государственной власти. Очередное подтверждение этому увидели в том, что на президентских выборах 2004 года Путин действительно не встретил ни одного достойного соперника. 14 марта 2004 года он был переизбран на пост президента, получив 71 процент голосов. Официально вступил в должность 7 мая.

Во второй своей инаугурационной речи Путин, подчеркнув, что цели первого срока – сохранение единства страны и укрепление государства – достигнуты, заявил о необходимости укреплять гражданское общество, реальную многопартийность и личные свободы граждан: "Только свободные люди в свободной стране могут быть по-настоящему успешными", - отметил он. На Западе полагали, что прошедшие выборы не были "ни свободными, ни честными", однако признавали подлинность высокого уровня популярности Путина в стране, обусловленного успехами его первого срока.

В 2004 году руководство страны столкнулось с целой серией масштабных терактов. В феврале около 40 человек погибли в результате взрыва в московском метрополитене на перегоне между станциями "Павелецкая" и "Автозаводская" - следствие установило, что в одном из вагонов террорист-смертник подорвал себя вместе с пассажирами. 9 мая теракт в Грозном закончился гибелью президента Чечни Ахмада Кадырова. В июне чеченские боевики напали на населенные пункты Назрань и Карабулак в Ингушетии. В августе произошли взрывы двух самолетов - Ту-154 и Ту-134, вылетевших из московского аэропорта "Домодедово", а также террористический акт возле станции метро "Рижская" в Москве. Крупнейший террористический акт произошел 1-3 сентября 2004 года в североосетинском городе Беслан, где в заложники были захвачены более тысячи учеников и учителей средней школы. В ходе незапланированного штурма здания погибли 330 человек, в том числе более ста детей. Вскоре после завершения бесланского кризиса Путина обвинили в безразличном отношении к произошедшему: одним из поводов стала речь, произнесенная президентом 4 сентября, в которой основное внимание было уделено не погибшим детям, а проблемам государственного строительства и внешней угрозы. Позднее появлялись сообщения о том, что Путин якобы пытался запугать матерей погибших школьников и избежать ответственности за произошедшее.

Многие эксперты признавали 2004 год наименее удачным за все время с начала президентства Путина. Отмечалось замедление темпов роста экономики и объема инвестиций. Во внешней политике наблюдалось резкое ухудшение отношений с Западом, грозящее России изоляцией. На постсоветском пространстве возникли большие осложнения в отношениях с Украиной и Грузией. Внутри страны наблюдалось повсеместное снижение всякой оппозиционной активности. Обе палаты парламента, по мнению критиков, практически утратили политический вес. Возможности принимать реальные решения лишилось и правительство: так, несмотря на сопротивление главы МЭРТ Германа Грефа, в августе 2004 года состоялась продажа основного нефтяного актива "ЮКОСа" - компании "Юганскнефтегаз" - "Газпрому" через подставную фирму "Байкалфинансгруп". Западные наблюдатели объясняли кризис вокруг "ЮКОСа" "жаждой власти" российского президента и желанием правящих кругов получить под свой контроль активы компании. Даже прокремлевски настроенные политологи, постаравшиеся по возможности переложить ответственность за неудачи власти с президента на правительство, указывали на рискованность чрезмерного увлечения президента "наведением порядка" в нефтегазовой отрасли. В августе 2004 года Госдума приняла решение о монетизации льгот и отмене многих социальных пособий. Реализация этой реформы в 2005 году нанесла серьезный урон популярности Путина в России и была встречена массовыми акциями протеста по всей стране. Ключевым провалом Путина на внешнеполитическом фронте называли неудачные попытки повлиять на исход прошедших на Украине президентских выборов, завершившихся "оранжевой революцией" – победой Виктора Ющенко, поддерживаемого прозападными силами, над Виктором Януковичем, ориентировавшимся на сближение с Россией.

В то же время 2004 год можно назвать переломным годом президентства Путина. Один из западных исследователей назвал его первым годом "полновластного" правления Путина в России. Именно тогда тенденции к усилению государственного контроля вышли на новый уровень. Западные наблюдатели вообще склонны противопоставлять политику Путина во время первого и второго срока. По их мнению, поначалу Путину приходилось искать баланс между двумя влиятельными силами: с одной стороны, олигархами, с другой – представителями силовых структур. Именно поэтому, считают критики, верх нередко одерживала небольшая группа либералов, сумевшая добиться экономических успехов первого срока. Политику второго срока, напротив, западная пресса связывала с усилением государственного контроля, наступлением государства на независимые СМИ, олигархов, региональные власти, либеральные политические силы и законодательную власть.