26 марта 2000 года Путин был избран президентом РФ, одержав победу в первом туре выборов, и вступил в должность 7 мая 2000 года. В своей инаугурационной речи Путин уделил главное внимание необходимости сохранить единство страны и укрепить государство. Именно с этой задачей был связан один из наиболее значительных шагов Путина во время его первого срока - реформа федеративного устройства страны. В 2000 году были созданы семь федеральных округов и назначены полномочные представители президента в каждом из них. По словам Путина, этот шаг был направлен на устранение угрозы распада России. По мнению критиков, реформа оказалась не вполне удачной: одним из ее результатов стала развернувшаяся борьба за власть между полпредами и главами субъектов федерации. Кампания по усилению централизации в государстве получила продолжение позднее - после переизбрания Путина в 2004 году.

Важную роль во время первого срока Путина играло развитие отношений между властью и так называемыми олигархами - крупными бизнесменами, имевшими рычаги влияния на политику страны. По мнению наблюдателей, в 2000 году Путин заключил с олигархами неофициальное соглашение: Кремль обязался уважать их права собственников, а они должны были поддерживать политический курс Кремля .

Во внешней политике Путину удалось укрепить отношения с Европейским Союзом и США, развить сотрудничество с НАТО, подготовить Россию к вступлению в ВТО .

Ключевую роль в этот период играли двусторонние отношения с США. Доброжелательные отношения между Путиным и Джорджем Бушем-младшим завязались во время их первой встречи в Любляне в июне 2001 года, после которой Буш сообщил, что увидел "душу" президента России и что Путину можно доверять. В дальнейшем двум сторонам удалось достичь согласия в отношении американских планов создания НПРО, уравновесив их продолжением переговоров по сокращению ядерных вооружений.

После террористических актов 11 сентября 2001 года Путин занял проамериканскую позицию. Сразу после терактов он предложил США помощь России, а в мае 2002 года два президента подписали в Москве договор о сокращении стратегических наступательных потенциалов, ставший поворотной вехой в развитии двусторонних отношений в области контроля над вооружениями. За подписанием этого договора последовало соглашение о создании нового Совета Россия-НАТО, в котором страны альянса и РФ должны иметь равные голоса в вопросах противостояния терроризму и другим угрозам безопасности.

Войну 2003 года в Ираке Россия не поддержала, однако, по мнению наблюдателей, Москве удалось занять осторожную позицию и избежать фатального разрыва отношений с Вашингтоном. В результате двусторонние отношения с США в целом развивались в позитивном русле.

Во время первого президентского срока Путину неоднократно приходилось сталкиваться с масштабными общественными кризисами. В августе 2000 года произошла катастрофа подводной лодки "Курск" в Баренцевом море, в результате чего погибли 118 человек. Во время этого кризиса репутация Путина серьезно пострадала. Получив информацию об аварии на АПЛ, Путин не пожелал прервать отпуск и прибыть к месту происшествия. Еще большее недовольство президент вызвал своей репликой во время интервью, данного американскому телеведущему Ларри Кингу 8 сентября. На вопрос о судьбе подлодки Путин с улыбкой ответил: "Она утонула".

В 2002 году произошел новый крупный кризис. 23 октября в Москве зрители мюзикла "Норд-Ост" были захвачены в заложники группой чеченских боевиков под руководством Мовсара Бараева, потребовавшего вывести войска из Чечни. 25 октября Путин провел в Кремле совещание, по результатам которого директор ФСБ Патрушев заявил, что власти готовы сохранить террористам жизнь в обмен на освобождение всех заложников. Вечером 25 октября террористы пообещали казнить людей, если их требования не будут выполнены. Опасаясь, что в случае штурма боевики взорвут здание, власти в ночь на 26 октября пустили в зрительный зал усыпляющий газ. Вслед за этим в Театральный центр ворвались спецназовцы и перестреляли спящих террористов. Взрыва удалось избежать, но число жертв среди заложников, задохнувшихся в результате действия газа и нерасторопности спасателей, составило 129 человек. После этого отечественные и зарубежные критики обвинили Кремль в пренебрежении жизнями людей и сокрытии подлинной информации о произошедшем на Дубровке.