В ноябре 2000 г. Президентом России Владимиром Путиным была создана рабочая группа по вопросам совершенствования законодательства в сфере судопроизводства. Законопроекты, разработанные комиссией, вызвали серьезные дискуссии в судейском сообществе. В конце 2000 г. они были обсуждены на V съезде судей, а в конце 2001 г. компромиссный вариант законодательных изменений был принят Госдумой. В России был введен институт мировых судей, реально заработал суд присяжных (хотя и не во всех регионах), был введен институт судебных приставов, изменился сам статус судей, существенно сокративший возможности для злоупотреблений, а также усиливший независимость судебного корпуса.

Была также проведена реформа процессуального законодательства. Госдумой в течение 2001-2002 гг. были приняты Гражданско-процессуальный кодекс (ГПК), Уголовно-процессуальный кодекс (УПК) и Арбитражно-процессуальный кодекс (АПК). Было исключено вмешательство прокуратуры в судебный спор, в котором отстаиваются частные интересы вне зависимости от того, кто судится - граждане или компании. Из гражданского процесса были выведены народные заседатели, которые не могли квалифицированно оценивать хозяйственные споры. Принятие Уголовно-процессуального кодекса было вызвано неэффективной практикой уголовного производства. Кодекс обеспечил подсудимым, обвиняемым, пострадавшим и свидетелям дополнительные права в уголовном процессе.

В 2001 г. были приняты: новый Кодекс об административных правонарушениях, Трудовой кодекс, Земельный кодекс и третья часть Гражданского кодекса. В 2003 г. был принят Таможенный кодекс. В 2004 г. С принятием Жилищного кодекса кодификация российского законодательства считается фактически завершенной.

На фоне непростых процессов стабилизации в Российской Федерации в декабре 2003 г. прошли парламентские выборы.

Больше всего голосов получила партия "Единая Россия". Либеральные партии "Яблоко" и СПС не преодолели пятипроцентный барьер, и их представители не попали в Государственную Думу. Большинство депутатов-одномандатников вошли во фракцию "Единая Россия", получившую в результате этого конституционное парламентское большинство.

Захват террористами школы в Беслане в сентябре 2004 г. продемонстрировал критическое состояние управления регионами и неготовность исполнительной власти эффективно действовать в кризисных ситуациях. Президент России выступил 13 сентября 2004 г. С предложениями по новому порядку избрания губернаторов, по новой системе избрания депутатов Государственной Думы и по созданию Общественной палаты. В конце 2004 г. эти предложения стали законами. По новому закону региональные законодательные собрания по представлению Президента избирают нового главу региона. Президент получил право отзывать губернатора за ненадлежащее исполнение обязанностей. Свое недоверие губернатору вправе выразить и законодательное собрание. Таким образом, Президент взял на себя ответственность за работу губернаторов.

Были отменены выборы депутатов Госдумы по одномандатным округам. Основной аргумент в пользу перехода к сугубо партийным выборам состоял в том, чтобы стимулировать развитие партийной системы в стране. Выборы по новой системе позволяют также исключить "внутрипартийную коррупцию", поскольку партии будут вынуждены включать в свои региональные списки кандидатов, действительно способных привлечь голоса избирателей.

Создание Общественной палаты Российской Федерации активизировало становление гражданского общества и ускорило формирование его институтов. Общественная палата дополнила работу парламентариев.

Одним из основных направлений федеральной реформы стало укрупнение регионов в основном за счет присоединения по итогам референдумов экономически несостоятельных автономных округов к областям и краям. В начале 2005 г. законодательно закреплен процесс объединения Пермской области и Коми-Пермяцкого автономного округа в Пермский край. Успешно для сторонников укрупнения завершились референдумы по объединению Таймырского (Долгано-Ненецкого) автономного округа, Эвенкийского автономного округа и Красноярского края, Корякского автономного округа и Камчатской области, а также Усть-Ордынского Бурятского округа и Иркутской области.

На 2004-2005 гг. пришелся первый этап административной реформы, связанный с конкретизацией и разделением функций органов исполнительной власти. В итоге возникла новая структура федеральной исполнительной власти, состоящая из подразделений трех типов: министерств, служб и агентств.

Министерство - федеральный орган исполнительной власти, несущий полную ответственность за состояние подведомственной сферы управления и ее развитие. Именно федеральные министерства должны стать в точном соответствии с Конституцией РФ опорными элементами системы исполнительной власти во главе с Правительством Российской Федерации, политически ответственными за эффективное проведение государственной политики в определенных для них сферах управления. Федеральная служба - федеральный орган исполнительной власти, создаваемый для непосредственного осуществления специализированных правоприменительных функций и функций надзора. Федеральное агентство - федеральный орган исполнительной власти, отвечающий за предоставление определенных видов общественных благ и услуг населению или другим органам власти.